V Cobblemonu se můžeš setkat i s vyhynulými Pokémony, kteří se nespawnují standardně v přírodě, ale vznikají exktrakcí z fosílií.
¶ Na fosilní Pokémony potřebujeme
• Fosílii 
• Resurrection Machine
¶ Získávání fosílií
Nejprve musíme najít a brushem opracovat Suspicious Sand či Suspicious Gravel.
Naleznete je v nalezištích viz https://wiki.cobblemon.com/index.php/Fossil_Dig_Sites
Takto získáme různé druhy fosílií
¶ Resurrection Machine
Postupně musíme vycraftit: Data Monitor, Fossil Analyzer a Restoration Tank. Recepty najdete ve hře v JEI.
Ty postupně položíme viz obrázek níže a naplníme Restoration Tank mlékem.
.png)
Následně do Fossil Analyzeru vložíme fosílii dle seznamu níže a počkáme než se zpracuje.
¶ Přehled fosílií
Generace 1 - 7
| Fosílie | Pokémon |
|---|---|
Helix Fossil  |
Omanyte  |
Dome Fossil  |
Kabuto  |
Old Amber  |
Aerodactyl  |
Root Fossil  |
Lileep  |
Claw Fossil  |
Anorith  |
Skull Fossil  |
Cranidos  |
Armor Fossil  |
Shieldon  |
Cover Fossil  |
Tirtouga  |
Plume Fossil  |
Archen  |
Jaw Fossil  |
Tyrunt  |
Sail Fossil  |
Amaura  |
V Generaci 8 je lehce odlišný způsob získávání fosilních Pokémonů.
Pro Pokémony z této generace je zapotřebí kombinace 2 fosílií, které se vkládají do Fossil Analyzeru najednou.
| Fossil 1 | + | Fossil 2 | = | Pokémon |
|---|---|---|---|---|
Fossilized Bird  |
+ | Fossilized Drake  |
= | Dracozolt  |
| Fossilized Bird |
+ | Fossilized Dino  |
= | Arctozolt  |
Fossilized Fish  |
+ | Fossilized Drake |
= | Dracovish  |
| Fossilized Fish |
+ | Fossilized Dino |
= | Arctovish  |
Taktéž lze získat dvě fosílie z fakemon edice Lively 'Mons
| Fosílie | Pokémon |
|---|---|
Hollow Fossil  |
Hollorn |
Reef Fossil  |
Polporos |
Hollow Fossil naleznete vzácně v Prehistoric Birch Trees, Prehistoric Oak Trees, Prehistoric Spruce Trees, Sandy Dens, Sunscorched Dens a Sunscorched Remains.
Reef Fossil vzácně v Dripstone Oasis, Enhydro Agates, Lush Dens, Mossy Ponds, Rooted Pits a Vibrant Hydrothermal Vents.
¶ Rotom
Ač Rotom není fosíle tak u nás ho lze získat pomocí stejné techniky, stačí do analyzéru vložit Magnet a Spell Tag (oboje z Cobblemon módu). Formy tohoto pokémona pak lze přepínat pomocí Rotom Cataloque, který lze vycraftit.